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Recensement des logiciels

par Nord & Ile de France - 29 juin 2020

Logiciel ACESII/ACESIII
Description Excited-state EOM-CC, BW-MRCC, Similarity-transformed EOM-CC
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Contact Peter BARFUSS / bofh.h4x_at_gmail.com
Laboratoire UWaterloo Theoretical Chemistry Group
 
Logiciel AGAPES: Adaptative generation of analytic potential energy Surfaces
Description -automatic generation of potential energy surfaces in analytic form as sum of seperable products using arbitrary basis sets in internal valence coordinates
-adaptive energy point sampling leading to near linear scaling with moleculor size in number of needed energy calculations
- ideal for ground-state PESs of larger molecules with up to 10-20 atoms
- ready to be used with kinetic energy operators generated automtically by TANA in MCTDH vibrational calculations
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Contact Falk RICHTER / falk.richter_at_univ-pau.fr
Laboratoire UPPA-IPREM
 
Logiciel A-VCI: Adaptive Vibrational Configuration Interaction: a posteriori error estimation
Description A new variational algorithm called adaptive vibrational configuration interaction (A-VCI) intended
for the resolution of the vibrational Schrödinger equation was developed. The main advantage of this
approach is to efficiently reduce the dimension of the active space generated into the configuration
interaction (CI) process. This adaptive algorithm was developed with the use of three correlated conditions, i.e., a suitable starting space, a criterion for convergence, and a procedure to expand the approximate space. The velocity of the algorithm was increased with the use of a posteriori error estimator (residue) to select the most relevant direction to increase the space.
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Contact Didier BEGUE / didier.begue_at_univ-pau.fr
Laboratoire IPREM (UPPA)
 
Logiciel AlgoGen
Description Programme de docking moléculaire incorporant des calculs quantiques pour mieux décrire
les liaisons métal-ligand, de polarisation et de transfert de charge dans les poses ligand-protéine.
Interface graphique pour préparer la boîte de docking (jBox).
Mots-Clés : docking moléculaire, chimie quantique, ligand, protéine.
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Contact Eric HENON / eric.henon_at_univ-reims.fr
Laboratoire Institut de Chimie Moléculaire de Reims - UMR CNRS 7312
   
Logiciel AMBER
Description Membre de l'équipe (internationale) de développement d'Amber; en charge des modules relatifs à la modélisation par dynamique moléculaire + mécanique quantique de macrosystèmes biologiques (protéines, etc.).
Mots-Clés : dynamique moléculaire, chimie quantique, méthodes à croissance linéaire, méthodes semi-empirique NDDO
Téléchargement ambermd.org
Contact Gérald MONARD / Gerald.Monard_at_univ-lorraine.fr
Laboratoire Laboratoire de Physique et Chimie Théoriques - UMR7019
 
Logiciel Casdi
Description Code d'interaction de configurations MRSDCI qui permet de faire des IC tronquées de type Monos, DDC2, DDCI et ICSD sur un espace actif de déterminants sélectionnés (MR) ou Complete Active Space (CAS)
Téléchargement http://github.com/LCPQ/Cost_package
Contact Nadia BEN AMOR / benamor_at_irsamc.ups-tlse.fr
Laboratoire laboratoire de chimie et physique quantiques (LCPQ) UMR5626
 
Logiciel Casdiloc (EXSCI)
Description Selected MRCI (quasi linear MRCI)
Téléchargement http://github.com/LCPQ/Cost_package
Contact Nadia BEN AMOR / benamor_at_irsamc.ups-tlse.fr
Laboratoire laboratoire de chimie et physique quantiques (LCPQ) UMR5626
 
Logiciel Chemfiles
Description Chemfiles est une bibliothèque logicielle qui permet de lire et d'écrire les formats de fichiers utilisés en chimie théorique: trajectoires, topologies, etc. La bibliothèque est écrite en C++ et offre des interfaces C, Fortran, Python, Rust et Julia.
Téléchargement https://github.com/chemfiles/chemfiles/
Contact Guillaume FRAUX / guillaume.fraux_at_chimie-paristech.fr
Laboratoire Institut de Recherche de Chimie Paris
 
Logiciel CONVIV
Description CONVIV implémente la méthode d'interaction de configurations en champ effectif pour le calcul des spectres de rotation-vibration moléculaires
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Contact Patrick CASSAM-CHENAÏ / cassam_at_unice.fr
Laboratoire J. A. Dieudonné, UMR 7351
 
Logiciel DoLo
Description Localisation d'orbitales a priori
Téléchargement http://github.com/LCPQ/Cost_package
Contact Nadia BEN AMOR / benamor_at_irsamc.ups-tlse.fr
Laboratoire Laboratoire de chimie et physique quantiques (LCPQ) UMR5626
 
Logiciel Env
Description Création d'un ensemble de charges renormalisées qui reproduisent avec une précision arbitraire le potentiel de Madelung d'un système infini sur un fragment du système. Sorties d'embedding pour MOLCAS et ORCA.
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Contact Marie-Bernadette LEPETIT / Marie-Bernadette.Lepetit_at_neel.cnrs.fr
Laboratoire Institut Néel
 
Logiciel gen.parRep
Description gen.parRep est la première implémentation libre de la méthode Generalized Parallel Replica (licence BSD 3-Clauses), spécialement destinée à étudier les systèmes biochimiques métastables, tels que les équilibres conformationnels ou les dissociations de complexes protéine-ligand.

Il a été montré que cette implémentation C++/MPI (https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01832823) passe à l’échelle sur des supercalculateurs, un facteur d’accélération (speedup) de 70 % étant obtenu sur plusieurs centaines de CPUs.
Téléchargement https://gitlab.inria.fr/parallel-replica/gen.parRep

Mirroir code :

https://github.com/FHedin/gen.parRep

Également disponible via Open Science Framework :

https://osf.io/w5xs2/
Contact Florent HEDIN / devel_at_fhedin.com
Laboratoire École des Ponts ParisTech
 
Logiciel GSAM Global Search Algorithm of Minima
Description Code d'optimisation globale pour la recherche de structures stables de systèmes complexes : clusters atomiques ou moléculaires, en phase gaz ou adsorbés sur substrat, en traitement non périodique ou périodique.
*Pour l'optimisation globale : Code contenant algorithme génétique et stochastique
*Pour l'optimisation locale et le calcul d'énergie : Code interfacé avec GAUSSIAN et VASP, et possédant un algorithme interne d'optimisation quasi-newton sur des potentiels GUPTA et Lennard Jones.
*Code opérationel sur cluster local de l'UPPA, mésocentre aquitain, HPC Irene (CEA Saclay)
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Contact Philippe CARBONNIERE / philippe.carbonniere_at_univpau.fr
Laboratoire IPREM
 
Logiciel IGMPlot
Description Détection / Identification d'interactions moléculaires, basées sur la topologie de la densité électronique.
Données fournies pour construire des isosurfaces colorées fonction de la nature de l'interaction chimique.
Mots-clés: independent gradient model, interactions covalentes, interactions non-covalente, densité promoléculaire, densité quantique.
Téléchargement site web: http://igmplot.univ-reims.fr
serveur de calcul en ligne: https://romeolab.univ-reims.fr
Contact Eric HENON / eric.henon_at_univ-reims.fr
Laboratoire Institut de Chimie Moléculaire de Reims - UMR CNRS 7312
 
Logiciel IRPF90
Description IRPF90 is a Fortran programming environment which helps the development of large Fortran codes by applying the Implicit Reference to Parameters method (IRP).
Téléchargement http://irpf90.ups-tlse.fr/
Contact Anthony SCEMAMA / scemama_at_irsamc.ups-tlse.fr
Laboratoire LCPQ (Toulouse)
 
Logiciel KiSThelP
Description Programme pour estimer les propriétés moléculaires mais aussi les paramètres réactionnels à partir de données provenant de calculs quantiques (Gaussian, NWChem, GAMESS):
- propriétés thermodynamiques en phase gazeuse
- constantes d'équilibre
- paramètres cinétiques dans la théorie de l'état de transition (TST, VTST, RRKM) incluant l'effet tunnel (Wigner, Eckart)
Mots-clefs: constante de vitesse . constante d'équilibre . TST . RRKM . effet tunnel . thermodynamique statistique
Téléchargement http://kisthelp.univ-reims.fr
Contact Eric HENON / eric.henon_at_univ-reims.fr
Laboratoire Institut de Chimie Moléculaire de Reims - UMR CNRS 7312
 
Logiciel Metalwalls
Description Logiciel de dynamique moléculaire visant à simuler des systèmes électrochimiques (électrodes à potentiel appliqué constant)
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Contact Mathieu SALANNE
Laboratoire PHENIX
 
Logiciel MuSTARD
Description Multi-Scale Tools for Adsorbtion, Reorganization and Docking is a computational chemistry toolbox, assembling scripts and programs developed at the Laboratoire de Chimie ENS de Lyon related to the advanced modelling of the adsorption of molecules on surfaces.MuSTARD consists of three main parts:
- SolvHybrid, which allows to assess the solvation free energy contribution to adsorption described at the DFT level.
- DockOnSurf, which combines the configurational sampling of adsorbates with a sampling of the different adsorption sites.
- ClusterExp, which implements cluster expansions for adsorption on monometallic and alloy surfaces
Téléchargement  
Contact Stephan STEINMANN / stephan.steinmann_at_ens-lyon.fr
Laboratoire Laboratoire de Chimie
 
Logiciel Newton-X
Description Dynamique non-adiabatique; surface hopping.
Téléchargement www.newtonx.org
Contact Mario BARBATTI / mario.barbatti_at_univ-amu.fr
Laboratoire Institut de Chimie Radicalaire
 
Logiciel Pangu, a short story of life
Description Jeux sérieux ayant pour thème les origines de la vie et qui permet d'explorer les liaisons chimiques (liaisons covalentes et hydrogènes)
Téléchargement https://collectifblueprint.itch.io/pangu
Contact Antoine TALY /
Laboratoire Laboratoire de Biochimie Théorique
 
Logiciel ProPHet
Description Détermination des propriétés mécaniques d'une protéine sur la base de sa structure. Le programme couple une représentation réduite en réseaux de ressorts et un algorithme de dynamique Brownienne et analyse les fluctuations des distances dans le système élastique au cours de la simulation.`
Téléchargement http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/ProPHet/
Contact Sophie SACQUIN-MORA / sacquin_at_ibpc.fr
Laboratoire Laboratoire de Biochimie Théorique, CNRS UPR9080
 
Logiciel Q-Chem
Description http://www.q-chem.com/
Téléchargement  
Contact Adèle LAURENT / Adele.Laurent_at_univ-nantes.fr
Laboratoire CEISAM UMR 6230
 
Logiciel QMC=Chem
Description
Quantum Monte Carlo program. It is meant to be used in the post-Full-CI context : a quasi-Full-CI calculation is done with the quantum package, and this wave function is used as a trial wave function for the fixed-node diffusion Monte Carlo algorithm.
Téléchargement https://github.com/scemama/qmcchem/
Contact Anthony SCEMAMA / scemama_at_irsamc.ups-tlse.fr
Laboratoire LCPQ (Toulouse)
 
Logiciel Quantum Package
Description The Quantum Package is an open-source programming environment for quantum chemistry, especially for wave function methods. The main goal is the development of selected configuration interaction (sCI) methods and multi-reference perturbation theory (MR-PT) in the determinant-driven paradigm. The determinant-driven framework allows the programmer to include any arbitrary set of determinants in the variational space, and thus gives a complete freedom in the methodological development. All the programs are developed with the IRPF90 code generator, which simplifies the collaborative development, and the development of new features.
Téléchargement https://github.com/LCPQ/quantum_package
Contact Anthony SCEMAMA / scemama_at_irsamc.ups-tlse.fr
Laboratoire LCPQ (Toulouse)
 
Logiciel Tinker
Description Le package Tinker est une plateforme logicielle dédiée à la dynamique moléculaire et au QM/MM incluant 3 logiciels:
- Tinker (logiciel historique contenant les outils d'analyse et de construction des fichiers d’entrée)
Tinker-HP (implémentation massivement parallèle)
Tinker-OpenMM (version GPU)
Tinker a la possibilité d'utiliser tout type de champs de forces: classiques tels Amber (ff94, ff96, ff98, ff99, ff99SB), CHARMM (19, 22, 22/CMAP), Allinger MM (MM2-1991 et MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA), Merck Molecular Force Field (MMFF); ou polarisables: modèle de Liam Dang, AMOEBA (2004, 2009, 2013, 2017, 2018), SIBFA.
Mots clés: dynamique moléculaire, simulation moléculaire, champs de forces, champs de forces polarisables, QM/MM
Téléchargement https://github.com/TinkerTools/ http://tinker-hp.ip2ct.upmc.fr/
Contact Jean-Philip PIQUEMAL / jean-philip.piquemal_at_sorbonne-universite.fr
Laboratoire Laboratoire de Chimie Théorique