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Recensement des logiciels
par - 29 juin 2020
| Logiciel | ACESII/ACESIII |
| Description | Excited-state EOM-CC, BW-MRCC, Similarity-transformed EOM-CC |
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| Contact | Peter BARFUSS / bofh.h4x_at_gmail.com |
| Laboratoire | UWaterloo Theoretical Chemistry Group |
| Logiciel | AGAPES: Adaptative generation of analytic potential energy Surfaces |
| Description | -automatic
generation of potential energy surfaces in analytic form as sum of seperable
products using arbitrary basis sets in internal valence coordinates -adaptive energy point sampling leading to near linear scaling with moleculor size in number of needed energy calculations - ideal for ground-state PESs of larger molecules with up to 10-20 atoms - ready to be used with kinetic energy operators generated automtically by TANA in MCTDH vibrational calculations |
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| Contact | Falk RICHTER / falk.richter_at_univ-pau.fr |
| Laboratoire | UPPA-IPREM |
| Logiciel | A-VCI: Adaptive Vibrational Configuration Interaction: a posteriori error estimation |
| Description | A
new variational algorithm called adaptive vibrational configuration
interaction (A-VCI) intended for the resolution of the vibrational Schrödinger equation was developed. The main advantage of this approach is to efficiently reduce the dimension of the active space generated into the configuration interaction (CI) process. This adaptive algorithm was developed with the use of three correlated conditions, i.e., a suitable starting space, a criterion for convergence, and a procedure to expand the approximate space. The velocity of the algorithm was increased with the use of a posteriori error estimator (residue) to select the most relevant direction to increase the space. |
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| Contact | Didier BEGUE / didier.begue_at_univ-pau.fr |
| Laboratoire | IPREM (UPPA) |
| Logiciel | AlgoGen |
| Description | Programme de docking moléculaire incorporant des calculs
quantiques pour mieux décrire les liaisons métal-ligand, de polarisation et de transfert de charge dans les poses ligand-protéine. Interface graphique pour préparer la boîte de docking (jBox). Mots-Clés : docking moléculaire, chimie quantique, ligand, protéine. |
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| Contact | Eric HENON / eric.henon_at_univ-reims.fr |
| Laboratoire | Institut de Chimie Moléculaire de Reims - UMR CNRS 7312 |
| Logiciel | AMBER |
| Description | Membre de l'équipe (internationale) de développement d'Amber;
en charge des modules relatifs à la modélisation par dynamique moléculaire +
mécanique quantique de macrosystèmes biologiques (protéines, etc.). Mots-Clés : dynamique moléculaire, chimie quantique, méthodes à croissance linéaire, méthodes semi-empirique NDDO |
| Téléchargement | ambermd.org |
| Contact | Gérald MONARD / Gerald.Monard_at_univ-lorraine.fr |
| Laboratoire | Laboratoire de Physique et Chimie Théoriques - UMR7019 |
| Logiciel | Casdi |
| Description | Code d'interaction de configurations MRSDCI qui permet de faire des IC tronquées de type Monos, DDC2, DDCI et ICSD sur un espace actif de déterminants sélectionnés (MR) ou Complete Active Space (CAS) |
| Téléchargement | http://github.com/LCPQ/Cost_package |
| Contact | Nadia BEN AMOR / benamor_at_irsamc.ups-tlse.fr |
| Laboratoire | laboratoire de chimie et physique quantiques (LCPQ) UMR5626 |
| Logiciel | Casdiloc (EXSCI) |
| Description | Selected MRCI (quasi linear MRCI) |
| Téléchargement | http://github.com/LCPQ/Cost_package |
| Contact | Nadia BEN AMOR / benamor_at_irsamc.ups-tlse.fr |
| Laboratoire | laboratoire de chimie et physique quantiques (LCPQ) UMR5626 |
| Logiciel | Chemfiles |
| Description | Chemfiles est une bibliothèque logicielle qui permet de lire et d'écrire les formats de fichiers utilisés en chimie théorique: trajectoires, topologies, etc. La bibliothèque est écrite en C++ et offre des interfaces C, Fortran, Python, Rust et Julia. |
| Téléchargement | https://github.com/chemfiles/chemfiles/ |
| Contact | Guillaume FRAUX / guillaume.fraux_at_chimie-paristech.fr |
| Laboratoire | Institut de Recherche de Chimie Paris |
| Logiciel | CONVIV |
| Description | CONVIV implémente la méthode d'interaction de configurations en champ effectif pour le calcul des spectres de rotation-vibration moléculaires |
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| Contact | Patrick CASSAM-CHENAÏ / cassam_at_unice.fr |
| Laboratoire | J. A. Dieudonné, UMR 7351 |
| Logiciel | DoLo |
| Description | Localisation d'orbitales a priori |
| Téléchargement | http://github.com/LCPQ/Cost_package |
| Contact | Nadia BEN AMOR / benamor_at_irsamc.ups-tlse.fr |
| Laboratoire | Laboratoire de chimie et physique quantiques (LCPQ) UMR5626 |
| Logiciel | Env |
| Description | Création d'un ensemble de charges renormalisées qui reproduisent avec une précision arbitraire le potentiel de Madelung d'un système infini sur un fragment du système. Sorties d'embedding pour MOLCAS et ORCA. |
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| Contact | Marie-Bernadette LEPETIT / Marie-Bernadette.Lepetit_at_neel.cnrs.fr |
| Laboratoire | Institut Néel |
| Logiciel | gen.parRep |
| Description | gen.parRep
est la première implémentation libre de la méthode Generalized Parallel
Replica (licence BSD 3-Clauses), spécialement destinée à étudier les systèmes
biochimiques métastables, tels que les équilibres conformationnels ou les
dissociations de complexes protéine-ligand. Il a été montré que cette implémentation C++/MPI (https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01832823) passe à l’échelle sur des supercalculateurs, un facteur d’accélération (speedup) de 70 % étant obtenu sur plusieurs centaines de CPUs. |
| Téléchargement | https://gitlab.inria.fr/parallel-replica/gen.parRep Mirroir code : https://github.com/FHedin/gen.parRep Également disponible via Open Science Framework : https://osf.io/w5xs2/ |
| Contact | Florent HEDIN / devel_at_fhedin.com |
| Laboratoire | École des Ponts ParisTech |
| Logiciel | GSAM Global Search Algorithm of Minima |
| Description | Code
d'optimisation globale pour la recherche de structures stables de systèmes
complexes : clusters atomiques ou moléculaires, en phase gaz ou adsorbés sur
substrat, en traitement non périodique ou périodique. *Pour l'optimisation globale : Code contenant algorithme génétique et stochastique *Pour l'optimisation locale et le calcul d'énergie : Code interfacé avec GAUSSIAN et VASP, et possédant un algorithme interne d'optimisation quasi-newton sur des potentiels GUPTA et Lennard Jones. *Code opérationel sur cluster local de l'UPPA, mésocentre aquitain, HPC Irene (CEA Saclay) |
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| Contact | Philippe CARBONNIERE / philippe.carbonniere_at_univpau.fr |
| Laboratoire | IPREM |
| Logiciel | IGMPlot |
| Description | Détection / Identification d'interactions moléculaires, basées
sur la topologie de la densité électronique. Données fournies pour construire des isosurfaces colorées fonction de la nature de l'interaction chimique. Mots-clés: independent gradient model, interactions covalentes, interactions non-covalente, densité promoléculaire, densité quantique. |
| Téléchargement | site
web: http://igmplot.univ-reims.fr serveur de calcul en ligne: https://romeolab.univ-reims.fr |
| Contact | Eric HENON / eric.henon_at_univ-reims.fr |
| Laboratoire | Institut de Chimie Moléculaire de Reims - UMR CNRS 7312 |
| Logiciel | IRPF90 |
| Description | IRPF90 is a Fortran programming environment which helps the development of large Fortran codes by applying the Implicit Reference to Parameters method (IRP). |
| Téléchargement | http://irpf90.ups-tlse.fr/ |
| Contact | Anthony SCEMAMA / scemama_at_irsamc.ups-tlse.fr |
| Laboratoire | LCPQ (Toulouse) |
| Logiciel | KiSThelP |
| Description | Programme
pour estimer les propriétés moléculaires mais aussi les paramètres
réactionnels à partir de données provenant de calculs quantiques (Gaussian,
NWChem, GAMESS): - propriétés thermodynamiques en phase gazeuse - constantes d'équilibre - paramètres cinétiques dans la théorie de l'état de transition (TST, VTST, RRKM) incluant l'effet tunnel (Wigner, Eckart) Mots-clefs: constante de vitesse . constante d'équilibre . TST . RRKM . effet tunnel . thermodynamique statistique |
| Téléchargement | http://kisthelp.univ-reims.fr |
| Contact | Eric HENON / eric.henon_at_univ-reims.fr |
| Laboratoire | Institut de Chimie Moléculaire de Reims - UMR CNRS 7312 |
| Logiciel | Metalwalls |
| Description | Logiciel de dynamique moléculaire visant à simuler des systèmes électrochimiques (électrodes à potentiel appliqué constant) |
| Téléchargement | |
| Contact | Mathieu SALANNE |
| Laboratoire | PHENIX |
| Logiciel | MuSTARD |
| Description | Multi-Scale
Tools for Adsorbtion, Reorganization and Docking is a computational chemistry
toolbox, assembling scripts and programs developed at the Laboratoire de
Chimie ENS de Lyon related to the advanced modelling of the adsorption of
molecules on surfaces.MuSTARD consists of three main parts: - SolvHybrid, which allows to assess the solvation free energy contribution to adsorption described at the DFT level. - DockOnSurf, which combines the configurational sampling of adsorbates with a sampling of the different adsorption sites. - ClusterExp, which implements cluster expansions for adsorption on monometallic and alloy surfaces |
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| Contact | Stephan STEINMANN / stephan.steinmann_at_ens-lyon.fr |
| Laboratoire | Laboratoire de Chimie |
| Logiciel | Newton-X |
| Description | Dynamique non-adiabatique; surface hopping. |
| Téléchargement | www.newtonx.org |
| Contact | Mario BARBATTI / mario.barbatti_at_univ-amu.fr |
| Laboratoire | Institut de Chimie Radicalaire |
| Logiciel | Pangu, a short story of life |
| Description | Jeux sérieux ayant pour thème les origines de la vie et qui permet d'explorer les liaisons chimiques (liaisons covalentes et hydrogènes) |
| Téléchargement | https://collectifblueprint.itch.io/pangu |
| Contact | Antoine TALY / |
| Laboratoire | Laboratoire de Biochimie Théorique |
| Logiciel | ProPHet |
| Description | Détermination des propriétés mécaniques d'une protéine sur la base de sa structure. Le programme couple une représentation réduite en réseaux de ressorts et un algorithme de dynamique Brownienne et analyse les fluctuations des distances dans le système élastique au cours de la simulation.` |
| Téléchargement | http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/ProPHet/ |
| Contact | Sophie SACQUIN-MORA / sacquin_at_ibpc.fr |
| Laboratoire | Laboratoire de Biochimie Théorique, CNRS UPR9080 |
| Logiciel | Q-Chem |
| Description | http://www.q-chem.com/ |
| Téléchargement | |
| Contact | Adèle LAURENT / Adele.Laurent_at_univ-nantes.fr |
| Laboratoire | CEISAM UMR 6230 |
| Logiciel | QMC=Chem |
| Description | Quantum Monte Carlo program. It is meant to be used in the post-Full-CI context : a quasi-Full-CI calculation is done with the quantum package, and this wave function is used as a trial wave function for the fixed-node diffusion Monte Carlo algorithm. |
| Téléchargement | https://github.com/scemama/qmcchem/ |
| Contact | Anthony SCEMAMA / scemama_at_irsamc.ups-tlse.fr |
| Laboratoire | LCPQ (Toulouse) |
| Logiciel | Quantum Package |
| Description | The Quantum Package is an open-source programming environment for quantum chemistry, especially for wave function methods. The main goal is the development of selected configuration interaction (sCI) methods and multi-reference perturbation theory (MR-PT) in the determinant-driven paradigm. The determinant-driven framework allows the programmer to include any arbitrary set of determinants in the variational space, and thus gives a complete freedom in the methodological development. All the programs are developed with the IRPF90 code generator, which simplifies the collaborative development, and the development of new features. |
| Téléchargement | https://github.com/LCPQ/quantum_package |
| Contact | Anthony SCEMAMA / scemama_at_irsamc.ups-tlse.fr |
| Laboratoire | LCPQ (Toulouse) |
| Logiciel | Tinker |
| Description | Le package Tinker est une plateforme logicielle dédiée à la
dynamique moléculaire et au QM/MM incluant 3 logiciels: - Tinker (logiciel historique contenant les outils d'analyse et de construction des fichiers d’entrée) Tinker-HP (implémentation massivement parallèle) Tinker-OpenMM (version GPU) Tinker a la possibilité d'utiliser tout type de champs de forces: classiques tels Amber (ff94, ff96, ff98, ff99, ff99SB), CHARMM (19, 22, 22/CMAP), Allinger MM (MM2-1991 et MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA), Merck Molecular Force Field (MMFF); ou polarisables: modèle de Liam Dang, AMOEBA (2004, 2009, 2013, 2017, 2018), SIBFA. Mots clés: dynamique moléculaire, simulation moléculaire, champs de forces, champs de forces polarisables, QM/MM |
| Téléchargement | https://github.com/TinkerTools/ http://tinker-hp.ip2ct.upmc.fr/ |
| Contact | Jean-Philip PIQUEMAL / jean-philip.piquemal_at_sorbonne-universite.fr |
| Laboratoire | Laboratoire de Chimie Théorique |
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